Juan Pablo Nogués, quien se desempeña como gerente de proyectos de Atome, resaltó en su currículum de Conacyt su trayectoria como asesor en entidades públicas. Nogués, primo hermano del presidente Santiago Peña, admitió a ABC su relación familiar. En su rol, representaba al Ministerio de Industria y Comercio (MIC) ante el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt) en el contexto de los decretos firmados por Peña que respondían a solicitudes de Atome. Nogués ocupa simultáneamente tres posiciones: gerente de proyectos de Atome, que está impulsando una planta de fertilizantes verdes en Villeta y que amenaza con demandar al Estado paraguayo ante el CIADI; consejero titular en representación del MIC ante el Conacyt, y primo hermano del presidente.
La coincidencia de fechas es notable. El 12 de noviembre de 2025, Atome solicitó a la ANDE modificaciones al contrato firmado en 2022, proponiendo una tarifa de US$ 30/MWh. Quince días después, el 27 de noviembre, Peña firmó el Decreto 4999/2025, que renovó el nombramiento de Nogués como titular del MIC ante el Conacyt hasta 2027, a propuesta del ministerio. El 22 de diciembre, el MIC y el MITIC presentaron un informe técnico que respaldó un régimen de tarifas dolarizadas. Posteriormente, el 16 de enero de 2026, Peña firmó los decretos 5306 y 5307, siendo el segundo de ellos el que estableció una tarifa para el hidrógeno entre US$ 30 y 32, cifra que coincide casi exactamente con la que había solicitado Atome.
En menos de dos meses, el presidente firmó tanto el nombramiento de su primo en un consejo estatal como los decretos de tarifas que coincidían con la solicitud del proyecto que Nogués gestiona. Nogués ha negado cualquier tipo de influencia, y los documentos revisados por ABC no demuestran que haya existido. Sin embargo, la superposición de roles y el estrecho parentesco generan un posible conflicto de intereses que debería ser aclarado por la Presidencia de la República y el MIC.
ABC se comunicó con Nogués a través de Whatsapp, utilizando el número que figura en su currículum público del Conacyt, para indagar sobre su representación del MIC ante el Conacyt y su parentesco con el presidente, preguntando si es primo hermano y si es hijo de María de la Paz Peña Nieto, conocida como Pacita, hermana del padre del presidente, José María Peña. Tras recibir dos mensajes, Nogués respondió mediante un audio: “Sí, yo soy primo hermano de Santi Peña”. Añadió que considera irrelevante el tema en relación con lo que se discute y solicitó que se le trate con respeto y sin sensacionalismo.